Ende der 1990er Jahre lernte er Iván Márquez kennen, heutiger Kommandant der FARC-EP, Zweites Marquetalia und langjähriger Freund. Iván Márquez übernahm in jenen Jahren das Kommando über den Karibikblock der FARC-EP. Jahre später kam Jesús Santrich in den Generalstab des Karibikblocks und sogar in den Generalstab der FARC-EP. In der Guerilla machte er sich mit Zeichnungen und Poesie einen Namen.
Im September 2012 kündigte die für Sondierungsdialoge mit der Regierung zuständige FARC-EP-Delegation auf einer Pressekonferenz an, dass Iván Márquez und Jesús Santrich das Verhandlungsteam der FARC-EP leiten sollte und der Dialog am 8. Oktober beginnen werde. Es war der große Aufstieg von Jesús Santrich, der international bekannt wurde. Während der vierjährigen Verhandlungen und Dialoge bestand die Arbeit von ihm darin, gemeinsam mit dem ehemaligen Friedenskommissar Sergio Jaramillo sorgfältig das „endgültige Abkommen zur Beendigung des Konflikts und zur Schaffung eines stabilen und dauerhaften Friedens“ auszuarbeiten. Doch eine juristische Inszenierung gegen ihn und ein Jahr Untersuchungshaft wegen angeblichen Drogenhandels bei gefälschten Beweisen und Zeugen, sorgten dafür, dass Santrich sich vom Frieden abwendete und erneut zu den Waffen griff.
